Greg Wynne, Alex Macarte et Paul Heron jouaient dans un groupe Drone appelé Second To Last. C'est après leur rupture de contrat avec Lockjaw Records qu'ils décident de former Manatees. Leur nouveau style, influencé par des groupes comme Pink Floyd mais aussi Neurosis, explore désormais les contrées du Sludge, en passant par le Post-Rock mais aussi le Doom, tout en restant dans un registre assez progressif. Tout ceci est mélangé pour sortir en 2006 leur première production sous le label Motive Sounds Recordings, l'album The Forever Ending Jitter Quest Of Slowhand Chuckle Walker: An Introduction To The Manatee. Il est réédité en 2008 par le label Eysofsound. Entre temps, le groupe auto-produit en 2007 un EP : We Are Going To Track Down And Kill Vintage Claytahh, The Beard Burning Bastard où Eugene Robinson (Oxbow) participe en tant qu'invité sur l'un des morceaux, The Pulp Cut. L'année suivante Manatees sort un split en édition limitée, Manafog, avec le groupe The Freezing Fog sous Roadkill Records. C'est durant cette même année que le groupe signe sur Eyesofsound (Rinoa, Devil Sold His Soul, Bossk) et voit la réédition de leur premier album, puis en 2009 sort leur second opus, Icarus, The Sunclimber. Ils enchaînent alors les tournées pour accroître leur popularité déjà bien naissante. Fin 2012, Manatees signe sur le label Shelsmusic (Erlen Meyer, Admiral Angry, Black Sheep Wall, *shels) pour la sortie de leur troisième album, prévu en 2013, Helvellyn.