Carnifex voit le jour à San Diego en Californie en 2005 par Scott Lewis (Chant) rejoint par Shawn Cameron (Batterie), Rick James (Guitare) et Kevin Vargas (Basse). Le combo monte alors un groupe de Deathcore influencé par le Brutal Death Metal et le Grindcore se voulant très violent, lourd et frontal comme d'autres groupes de la scène tels que Job For A Cowboy, Suicide Silence ou Whitechapel. Une première démo sort en 2005, distribué aux premiers concerts locaux. En septembre 2006, Rick James et Kevin Vargas quittent le groupe, mais sont remplacés à leurs postes respectifs  par Travis Whiting et Steve McMahon pour enregistrer un premier ep fin 2006 : Love Lies In Ashes.

Cory Arford prend la place du guitariste de Rick James avant que Dead In My Arms, leur premier album, sorte en 2007 sous le label This City Is Burning Records. Carnifex se fait un nom et tourne avec Emmure, Whitechapel et MyChildren MyBride notamment. Mais Steve McMahon et Jake Anderson s'en vont également, remplacés par Fred Calderon et Ryan Gudmunds. Le label Victory Records se montre très intéressé par leur musique, c'est ainsi que Carnifex sort son second opus en juin 2008, intitulé The Diseased And The Poisoned, qui augmente largement la reconnaissance du groupe. Les américains tournent dans plus de 22 pays et s'offrent une grosse tournée avec The Black Dahlia Murder, Despised Icon, Warbringer, Parkway Drive, Architects, Darkest Hour et bien d'autres. Ils reviennent début 2010 avec Hell Chose Me leur troisième opus.